אנטיביוטיקה מערכתית היא אנטיביוטיקה שאנו משתמשים בה בטיפול מערכתי (למשל בצורת טבליות, סירופ, עירויים או זריקות). דוגמאות לאנטיביוטיקה מערכתית כוללות, למשל, אוספמוקס (אמוקסיצילין), אמוקסיקלב (אמוקסיצילין וחומצה קלוולנית), סוממד (אזיתרומיצין), דוקסיברה (דוקסיציקלין) ואחרים.